Sau khi Áo được sáp nhập với Đức Quốc xã vào năm 1938, một số cựu sĩ quan hải quân Áo được gọi tái ngũ và đã phục vụ cùng hải quân Đức. Việc đặt tên con tàu là nhằm bày tỏ sự tôn vinh đối với truyền thống của Hải quân Áo-Hung. Vào ngày 21 tháng 11 năm 1942, Prinz Eugen được Tùy viên Hải quân Ý tại Berlin trao tặng quả chuông của chiếc thiết giáp hạm dreadnought Áo-Hung SMS Tegetthoff (bị tháo dỡ tại Ý vào năm 1924). Bốn tháp pháo chính của con tàu cũng được đặt tên theo các thành phố của Áo: Graz, Braunau, Innsbruck và Viên (Vienna).